A partir de 1.987, a raíz de los Acuerdos de Paz para Centroamérica (Esquipulas II), se abrió para El Salvador la expectativa de que la tendencia a prolongar la guerra pudiese ser sustituida por un pacto político en el que participan todos los sectores del país.
Sin embargo, esta expectativa no pudo realizarse durante el Gobierno de la Democracia Cristiana, debido a la ausencia del poder real que caracterizó toda su gestión política. Las decisiones de Napoleón Duarte siempre contaron con el veto de los militares más conservadores. Debido a este condicionamiento, hasta el final de este período presidencial se siguió privilegiando exclusivamente una salida militar al conflicto Gobierno/FMLN.
Las elecciones de 1.989 llevan a la presidencia de la república al empresario Alfredo Cristiani Burkard, del ultraderechista partido Alianza República Nacionalista (ARENA). Este partido, a lo largo de toda la guerra, había rechazado y boicoteado a través del ejército cualquier intento de negociación seria con el FMLN que desembocara en una solución política al conflicto, y que garantizara la inserción del FMLN en la vida nacional. Más aún, los sectores más poderosos de dicho partido acusaron repetidamente al gobierno del PDC y al ejército de no asumir correctamente la conducción de la guerra para liquidar definitivamente al FMLN.
Esta postura, esencialmente militarista, predominó durante los primeros meses del nuevo Gobierno, pero tuvo que ser modificada sustancialmente a raíz de la Ofensiva Militar «Hasta el Tope», lanzada por el FMLN en noviembre de 1.989.
Por primera vez, después de casi diez años de guerra civil, el FMLN logró tener bajo su control directo, durante casi una semana, los principales centros urbanos del país.
Ante el estupor de la derecha y de los Estados Unidos, el ejército se mostraba incapaz de detener el avance de las unidades del FMLN, que al mismo tiempo se granjeaban la simpatía de los pobladores de las ciudades.
La desesperación del ejército y del gobierno los llevó a tomar como medida de contra ataque el bombardeo indiscriminado en las zonas urbanas bajo control del FMLN. El resultado de esta insensata decisión fue un saldo de 4.499 víctimas entre muertos y heridos durante un lapso de doce días.
Al mismo tiempo que se decidía bombardear las ciudades, el ejército desató una campaña de terror contra los elementos más visibles de la oposición al régimen, ésta incluyó saqueos de locales sindicales, capturas de dirigentes populares, asesinatos selectivos de dirigentes de la oposición, amenazas a través de la cadena nacional de radio del ejército contra los miembros más prominentes de la oposición, etc.
Esta campaña llegó a su clímax con el asesinato de seis sacerdotes jesuitas y dos de sus empleadas domésticas. Entre los asesinados se encontraba el rector de la Universidad Centroamericana de San Salvador, Ignacio Ellacuría, principal promotor de la idea de la necesidad de encontrar una salida no militar al conflicto salvadoreño.
Paradójicamente, los acontecimientos de noviembre de 1.989, al mismo tiempo que crisparon los ánimos de ciertos sectores contra la solución negociada a la guerra, por otra parte, reforzaron la necesidad histórica del diálogo y la negociación, al corroborar la inviabilidad de una salida militar y el fracaso de la política norteamericana en su tan promocionado propósito de formar un «ejército profesional y respetuoso de los derechos humanos».
Así, en abril de 1.990, bajo los auspicios del Secretario General de la ONU, el Gobierno y el FMLN firman un acuerdo de negociación en el cual se establecen objetivos, mecanismos y plazos de un proceso de negociación que, esta vez, asume un carácter continuo e irreversible.

A partir de la firma de este acuerdo en Ginebra se suceden 20 meses de un agitado proceso de negociación, que muchas veces parecía condenado al fracaso, y que inclusive produjo importantes reformas en la Constitución política de 1.983.
El proceso de negociación culminó el 31 de diciembre de 1.991, cuando en la sede de las Naciones Unidas en Nueva York, amabas partes rubricaron el compromiso de firmar un acuerdo de paz definitivo a la «mayor brevedad posible». El acuerdo definitivo fue firmado el 15 de enero de 1.992 en México, mientras que el cese de fuego entró en vigor a partir del primer día de febrero.
El logro principal de los Acuerdos de Paz es la garantía de reducir el tamaño e influencia del estamento militar dentro de la sociedad salvadoreña, al mismo tiempo que se garantiza la depuración de los mandos militares y la subordinación del poder militar al poder civil.
Los Acuerdos señalan la necesidad de redefinir el sistema educativo de la Fuerza Armada en función de valores que «estimulen una relación siempre armónica con la sociedad civil». Asimismo, se declara la disolución de la Guardia Nacional y de la Policía de Hacienda, principales cuerpos represivos durante la historia reciente de El Salvador, y se establece la recomposición radical de la Policía Nacional para dar lugar a una nueva Policía Nacional Civil (PNC), con participación de miembros del FMLN, como un cuerpo policial verdaderamente profesional, en el marco de una nueva estructura de seguridad pública.

En materia judicial, los acuerdos establecen la creación de la Procaduría para la Defensa de los Derechos Humanos y el establecimiento de los criterios básicos que deberían regir al Consejo Nacional de la Judicatura y la escuela de Capacitación Judicial.
En el ámbito electoral, las partes se comprometen a promover un proyecto general de reformas del sistema electoral a fin de restituir credibilidad a los procesos eleccionarios y de garantizar la participación del FMLN en el juego político.
Finalmente, en el ámbito económico y social, la preocupación principal de los Acuerdos de Paz se centra en la solución al problema agrario, la búsqueda de medidas para aliviar el costo social del ajuste estructural, las modalidades de cooperación externa para la reconstrucción del país y la instalación de un Foro para la Concertación Económica y Social.
En resumen, y aún con todas las limitaciones que pudieran existir, lo que se consiguió en los Acuerdos de Paz no es en modo alguno desdeñable. No cabe duda de que los Acuerdos han posibilitaron mejores condiciones objetivas para el desmantelamiento del militarismo en el país y para sentar las bases de la implantación futura de un auténtico Estado de Derecho, que garantizara el respeto a los Derechos Humanos. Sin embargo, el espíritu de estos acuerdos no se ha plasmado en la actualidad tal y como se pretendía, asunto que analizaremos en próximos capítulos.